每經(jīng)編輯 王鑫

據(jù)“清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心”微信公眾號10月27日消息，2020年6月11日，1例新冠病毒感染患者突現(xiàn)，打破了北京連續(xù)56天無新增病例的平靜。該患者（指示病例）馬上就被收治，病情也很快得到控制，但是他從何處感染了病毒，卻成了一個謎。

為了進一步查清新發(fā)地疫情的病毒來源，多家單位聯(lián)合攻關(guān)。2020年10月23日，清華大學(xué)、北京市疾病預(yù)防控制中心、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所、北京大學(xué)、中國科學(xué)院北京基因組研究所的研究人員在《國家科學(xué)評論》（National Science Review）上在線發(fā)表題為“北京新冠肺炎疫情再現(xiàn)可能源于冷鏈?zhǔn)称肺廴?rdquo;（Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing）的研究論文（academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa264/5936602）。該論文通過對2020年6月北京疫情相關(guān)病例、環(huán)境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列分析，結(jié)合全面的流行病學(xué)調(diào)查和大數(shù)據(jù)分析，揭示了該疫情可能源于冷鏈?zhǔn)称肺廴荆岢隼滏溸\輸可能是新冠病毒傳播的新途徑。

針對指示病例的流行病學(xué)調(diào)查和大數(shù)據(jù)分析，通過對其所到地區(qū)和接觸人員的排查，發(fā)現(xiàn)2份來自北京新發(fā)地市場的環(huán)境樣本呈現(xiàn)新冠病毒核酸陽性。隨后對該市場538名員工擴大進行病毒核酸篩查，又發(fā)現(xiàn)45人為陽性。新發(fā)地市場隨即成為關(guān)注的焦點，北京市有關(guān)部門果斷對該市場采取關(guān)閉措施，以有力遏止疫情的蔓延。6月15日，北京市啟動了全市核酸篩查。通過對1000余萬人口和5000余份環(huán)境樣本的檢測，共發(fā)現(xiàn)368人新冠病毒核酸陽性。這些感染者均與新發(fā)地市場有直接或者間接關(guān)聯(lián)：其中169人是新發(fā)地市場的工作人員，103人于5月30日至6月12日期間去過新發(fā)地市場，其余96人均為上述人員的接觸者。未發(fā)現(xiàn)獨立于該市場的早期傳播鏈或獨立傳播鏈，提示新發(fā)地市場是此次疫情暴發(fā)的單一源頭。

新發(fā)地綜合交易大廳負(fù)一層（牛羊肉廳）感染工作人員分布

結(jié)合新發(fā)地市場流行病學(xué)調(diào)查，研究人員初步確定綜合交易大廳地下一層（牛羊肉大廳）水產(chǎn)區(qū)S14號攤位可能是感染的源頭：S14號攤位的7位工作人員均為新冠確診病例，且癥狀出現(xiàn)時間相對較早。根據(jù)流行病學(xué)模型推斷的疫情開始時間范圍內(nèi)，共有5位顧客新冠抗體檢測陽性，且這5位顧客都到訪過S14號攤位。這5位顧客及其密切接觸者在過去14天內(nèi)都未到訪過中高風(fēng)險區(qū)域或接觸來自中高風(fēng)險區(qū)域的人員，進一步提示疫情是由新發(fā)地市場向外傳播。

新發(fā)地疫情中的病例和環(huán)境樣本中獲得病毒基因組序列分析表明其病毒序列具有明顯的突變特征，和我國之前所發(fā)現(xiàn)的本土及輸入病例均不相同，揭示該次疫情應(yīng)為單一性的境外輸入

研究團隊進一步利用自主開發(fā)的低病毒載量樣品處理方法，對110個病例和環(huán)境樣本進行了高通量核酸測序，共獲得了72條高質(zhì)量的新冠病毒基因組序列。分析發(fā)現(xiàn)，這些序列均具有8個特征性突變位點（C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T），這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發(fā)現(xiàn)過。與新冠病毒基因序列數(shù)據(jù)庫比對，發(fā)現(xiàn)除C6026T之外，具有其它7個突變位點的病毒主要存在于歐洲。這些結(jié)果進一步提示新發(fā)地疫情的病毒應(yīng)為單一性的新發(fā)境外輸入。

綜合上述結(jié)果，同時確認(rèn)S14號攤位的工作人員未接觸過疑似或確診新冠病毒感染者，且5月至6月初期北京也無報告新增感染病例，提示病毒極可能來源于境外輸入。進一步調(diào)查顯示，S14號攤位售賣的物品中冰鮮三文魚是唯一來自境外的商品，且攤主曾于5月30日從某供應(yīng)商（X公司）處采買過從存在新冠病毒疫情國家進口、包裝完整的三文魚，在市場內(nèi)切割處理后零售。為此，對新發(fā)地市場內(nèi)所有三文魚供應(yīng)商的冷庫進行了采樣檢測，發(fā)現(xiàn)X公司有5份魚體拭子樣本呈新冠病毒核酸陽性，其中1份未開封魚體拭子樣本中測序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環(huán)境樣本中的病毒高度同源。

因未能從魚體上分離獲得活病毒，因此尚無法證明魚體上的病毒活力。但是將高質(zhì)量病毒基因組序列特征分析與流行病學(xué)調(diào)查結(jié)合，提示來自境外疫情高發(fā)區(qū)的冷鏈進口食品極有可能為本次新發(fā)地疫情病毒源頭。在本文發(fā)表過程中，中國疾控中心報告從青島獲取的冷鏈?zhǔn)称分蟹蛛x出新冠病毒，進一步提示冷鏈?zhǔn)称房赡苁切鹿诓《緜鞑サ闹匾緩健１狙芯繉τ诮沂颈本┬掳l(fā)地疫情的病毒來源提供了重要證據(jù)，為優(yōu)化疫情常態(tài)化防控策略提供了重要依據(jù)。

該論文的完成，體現(xiàn)了多個研究機構(gòu)中不同專業(yè)背景科研人員之間的精誠合作，也為今后類似復(fù)雜問題的快速解決提供了一種有效的方案。北京市疾病預(yù)防控制中心新冠病毒肺炎防控和檢測組參與完成現(xiàn)場調(diào)查、樣本采集和核酸篩查。中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所王健偉/任麗麗研究團隊在P3實驗室完成了樣品的核酸測序前處理流程。清華大學(xué)王建斌課題組與北京大學(xué)黃巖誼課題組發(fā)展的快速基因組測序樣品處理方法為新發(fā)地疫情關(guān)鍵樣品的準(zhǔn)確快速病毒測序提供了技術(shù)基礎(chǔ)和實驗支持。中國科學(xué)院北京基因組研究所李明錕課題組完成了對關(guān)鍵樣品序列的分析。該工作得到了北京市政府的統(tǒng)籌協(xié)調(diào)和相關(guān)部門的大力支持，得到了科技部、國家自然科學(xué)基金委員會、北京未來基因診斷高精尖創(chuàng)新中心和北京結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心的資助。快速響應(yīng)的高通量測序工作得到了北京大學(xué)ICG/BIOPIC高通量測序平臺的積極協(xié)助。

北京市疾病預(yù)防控制中心龐星火主任醫(yī)師、吳雙勝主管醫(yī)師，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所任麗麗研究員和中國科學(xué)院北京基因組研究所研究生馬文泰為論文共同第一作者。中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所王健偉研究員，北京大學(xué)北京未來基因診斷高精尖創(chuàng)新中心/生物醫(yī)學(xué)前沿創(chuàng)新中心/化學(xué)學(xué)院黃巖誼教授，清華大學(xué)(北京)結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心/生命科學(xué)學(xué)院王建斌研究員，中國科學(xué)院北京基因組研究所（國家生物信息中心）李明錕研究員，北京市疾病預(yù)防控制中心王全意研究員、潘陽副研究員為共同通訊作者。

新冠疫情發(fā)生之初，為了盡快監(jiān)測新冠病毒變異的特征，進一步解析這一新型病毒的流行病學(xué)特點和潛在風(fēng)險，清華大學(xué)生命學(xué)院及結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心王建斌課題組投入到新冠病毒全基因組測序技術(shù)的研發(fā)工作，與北京大學(xué)和地壇醫(yī)院合作者聯(lián)合開發(fā)出一種靈敏簡單的新型冠狀病毒測序手段MINERVA（www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.25.060947v2），它建立在之前發(fā)展的SHERRY方法之上，兼容新冠病人常見的臨床樣本類型，并通過特異性的富集，來獲取高覆蓋度和高深度的新冠病毒基因組數(shù)據(jù)。除新發(fā)地疫情傳播研究外，王建斌課題組還與地壇醫(yī)院、北京大學(xué)、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院病原生物學(xué)研究所、中國科學(xué)院北京基因組研究所的科研團隊合作開展多項新冠相關(guān)科研項目，部分成果已被接收待刊。

封面圖片來源：每經(jīng)記者 韓陽 攝